업무사례
행정전문변호사가 지방자치단체를 대리해, 민간 운영사의 약 2억 원 반환 청구를 전부 기각으로 이끈 중재 사례입니다.
※ 본 업무사례는 대륜이 수행한 실제 사건으로, 부가가치세법 제29조(과세표준) 및 대법원 2023. 12. 28. 선고 2020두56780 판결 등에 의거하여 작성되었습니다.

행정전문변호사를 찾은 의뢰인은 경기도의 한 지방자치단체였습니다.
이 지자체는 주민들이 일상에서 부담 없이 이용할 수 있는 공공서비스를 민간기업 H기업과 함께 운영하고 있었습니다.
지자체와 H기업은 민간투자 방식의 실시협약을 맺었고, H기업은 이 협약에 따라 사업시행자로서 서비스를 제공해 왔습니다.
주민 이용료를 낮게 유지하려면 운영 적자를 누군가는 메워야 했습니다.
그래서 지자체는 늘어나는 운영비를 보전하는 보조금을 H기업에 정기적으로 지급하고 있었습니다.
문제는 보조금 정산 업무를 맡은 공무원이었던 한지훈 씨(가명)가 지급 내역을 점검하면서 드러났습니다.
지급액 안에 부가가치세 상당액이 함께 포함되어 있었던 것입니다.
지훈 씨와 담당 부서는 관련 세법, 국세청 질의회신, 감사자료를 차례로 검토했고 이 보조금이 부가가치세 과세표준에 들어가지 않는 공공보조금이라는 것을 확인했습니다.
지자체는 이미 지급한 보조금에서 부가세 상당액을 공제하고, 앞으로 지급할 보조금에서도 이를 제외하겠다고 H기업에 알렸습니다.
그런데 H기업의 반응은 예상 밖이었습니다.
"운영하는 데 드는 돈을 보전받는 건데, 시에서 일방적으로 이 보조금을 줄인다고요? 저희는 받아들일 수 없습니다."
H기업은 운영비 보조금은 운영 비용을 메우기 위한 돈이므로 부가세 상당액을 빼서는 안 된다고 주장했습니다.
그리고 공제로 줄어든 금액 약 2억 원을 돌려달라며 대한상사중재원에 중재를 신청했습니다.
사업 관련 자료 확인과 담당자 협의가 수시로 필요한 상황이었기에, 지자체는 가까운 곳에서 바로 논의할 수 있는 대륜의 행정전문변호사에게 사건을 맡겼습니다.
행정전문변호사는 '보조금'이라는 명칭이 아니라, 실제 지급 목적과 공급의 대가관계를 함께 따지는 데서 대응을 시작했습니다.
핵심 질문은 하나였습니다.
H기업에 준 운영비 보조금은 '용역의 대가'인가, '공익사업을 돕는 공공보조금'인가.
이에 맞추어 행정전문변호사는 다음과 같이 핵심 쟁점을 정리하여 빠르게 조력했습니다.
구분 | 내용 | 대응 포인트 |
| 보조금의 법적 성격 | 운영 용역의 대가인지, 공익사업 지원을 위한 공공보조금인지 | 실시협약과 지급 목적 분석 |
| 부가가치세 과세 여부 | 보조금이 과세표준에 포함되는지 | 부가가치세법·유권해석 검토 |
| 반환 청구의 타당성 | 공제한 약 2억 원을 다시 지급해야 하는지 | 공제·환급 경위와 정산 내역 확인 |
가장 먼저 확인할 것은 이 돈이 왜 지급됐는지였습니다.
행정전문변호사는 지자체와 H기업 사이의 실시협약과 운영비 보조금 지급 내역을 하나하나 대조했습니다.
그 결과 보조금이 서비스 운영에 필요한 비용을 지원하기 위해 지급된 돈이라는 점을 확인했습니다.
이를 근거로, 공익사업을 돕는 보조금을 일반적인 서비스 이용대금과 같은 성격으로 볼 수 없다고 주장했습니다.
H기업은 부가세 상당액을 뺀 것 자체가 부당하다고 맞섰습니다.
이에 대응해, 행정전문변호사는 부가가치세법상 재화나 용역의 공급과 직접 관련되지 않는 공공보조금은 과세표준에서 제외될 수 있다는 점을 강조했습니다.
그리고 여기에 한 가지를 더 짚었습니다.
해당 서비스를 실제로 이용하는 사람은 주민이지, 보조금을 낸 지자체가 아니라는 점입니다.
즉 지자체는 H기업으로부터 운영 용역을 공급받는 상대방이 아니었습니다.
따라서 보조금에 부가세를 얹을 이유가 없고, 공제는 정당하다고 강력히 주장했습니다.
행정전문변호사는 국세청 질의회신, 지자체 감사자료, 다른 민간투자사업의 보조금 처리 사례를 검토해 주장을 뒷받침했습니다.
특히 대법원 2023. 12. 28. 선고 2020두56780 판결을 근거로 공공보조금과 서비스 대금을 나누는 기준을 판시한 사례로 꼽힙니다.
이 판결은 지자체가 관광열차 운영을 지원하려고 지급한 돈을 서비스 대가가 아닌 공공보조금으로 보고, 공급과 직접 관련되지 않는 공공보조금은 과세표준에 포함되지 않는다고 판단했습니다.
행정전문변호사는 위 자료들을 인용하며 지자체가 임의로 지급액을 줄인 것이 아니라, 법률과 보조금의 성격에 맞게 공제했다는 점을 분명히 했습니다.
마지막으로 행정전문변호사는 협약 내용과 부가가치세법을 검토한 결과 등 관련 자료를 정리해 대한상사중재원에 답변서를 제출했습니다.
답변서에서 가장 힘을 준 부분은 '정산 경위'였습니다.
H기업은 이미 부가세 상당액의 공제와 환급 요청에 따라 관련 금액을 정산한 사실이 있었습니다.
행정전문변호사는 이 경위와 보조금의 법적 성격을 함께 보면 H기업이 같은 돈을 다시 돌려달라고 할 근거가 부족하다고 반박했습니다.
이에 따라 H기업의 청구 전부를 기각해야 한다는 의견을 중재판정부에 전달했습니다.
행정전문변호사의 주장을 받아들인 대한상사중재원 중재판정부는 실시협약, 보조금의 지급 목적, 부가가치세법, 양측 사이의 공제·환급 경위를 검토했습니다.
그리고 다음 사항을 중점적으로 판단했습니다.
첫째, 운영비 보조금은 공공사업을 지원하기 위해 지급된 돈이라는 점.
둘째, 지방자치단체는 해당 서비스의 운영 용역을 직접 공급받는 상대방이 아니라는 점.
셋째, 부가가치세 상당액을 공제하고 환급한 경위가 자료로 확인된 점.

이를 바탕으로 중재판정부는 H기업의 약 2억 원 반환 청구를 전부 기각했습니다.
아울러 중재비용도 H기업이 부담하도록 판정했습니다.
행정전문변호사 사례는 지자체가 지급한 보조금에 부가가치세를 붙여야 하는지가 분쟁의 출발점이었습니다.
부가가치세법 제4조는 사업자가 하는 재화·용역의 공급과 재화의 수입을 과세대상으로 정하는데, 이때 세율은 원칙적으로 10%입니다.
여기서 핵심은 '공급'과 '대가'가 짝을 이뤄야 한다는 점입니다.
돈이 오갔더라도 그 돈을 낸 사람이 대가로 재화나 용역을 받은 것이 아니라면, 부가가치세를 붙일 근거가 약해집니다.
이러한 부가가치세는 과세표준(공급가액)에 세율을 곱해 계산합니다.
이때, 공급과 직접 관련 없는 공공보조금은 과세표준에서 빠집니다.
반대로 '보조금'이라는 이름이 붙어 있어도 실질이 용역의 대가라면 과세될 수 있습니다.
만약 공공보조금에 부가세 상당액이 잘못 포함돼 지급됐다면, 이후 정산 과정에서 공제하거나 환급받는 방식으로 바로잡을 수 있습니다.
다만 협약서에 정산 방법이 어떻게 정해져 있는지, 상대방과 어떤 경위로 공제·환급이 이뤄졌는지에 따라 분쟁 가능성이 달라집니다.
행정전문변호사 사례에서도 상대방이 이미 공제·환급 정산에 응했다는 경위가 확인되면서 약 2억 원 반환 청구가 기각되는 근거가 됐습니다.
따라서 실시협약서, 지급 결의 문서, 국세청 질의회신, 감사자료, 공제·환급 정산 내역은 처음부터 꼼꼼히 남겨두는 것이 중요합니다.

“중재 경험이 많은 민간사업자 측 대리인단을 상대로 저희 논리만으로 충분히 방어할 수 있을까요?”
민간사업자와 중재 분쟁을 앞둔 지방자치단체라면 한 번쯤 고민할 문제입니다.
특히 수억 원의 반환 청구가 걸려 있고, 실시협약과 세법 해석, 보조금 정산 기준까지 복잡하게 얽혀 있다면 지자체의 입장이 법적으로 타당하더라도 상대방의 반박에 충분히 대응할 수 있을지 걱정될 수밖에 없습니다.
이때 중요한 것은 상대방이 어떤 근거로 청구하는지 분석하고, 이를 반박할 협약상·법령상 근거를 얼마나 촘촘하게 준비하느냐입니다.
대한민국 9위 로펌 대륜(25년 국세청 부가가치세 신고 기준)은 이러한 공공 분야 복합 분쟁에 대응하기 위해 부장급 변호사를 중심으로 지자체 대리 행정변호사들이 TF로 협력하는 사건 수행 구조를 갖추고 있습니다.
이러한 원스톱 대응 체계를 통해 실시협약의 공법적 성격과 지자체의 재정·회계 절차를 이해한 상태에서 사건을 검토할 수 있습니다.
또한 세무사와 세무고문이 함께 참여해 부가가치세 과세 여부와 보조금 정산의 세무상 쟁점을 실무 관점에서 분석허요 법률 해석과 세무 판단이 엇갈리지 않도록 처음부터 함께 조력합니다.
아울러 자체 개발한 AI대륜과 내부 사건 수행 자료를 활용해 관련 판례와 유사 분쟁의 판단 기준을 비교하고, 상대방의 예상 반박에 대응할 법적 근거를 구체화합니다.
뿐만 아니라 증거조사센터와 협업해 정산 공문, 지급 내역, 협약서, 내부 결재 문서 등 객관적 자료를 검토하여 추가 지급 의무가 없음을 입증할 자료를 정리·제출할 수 있습니다.
이렇게 정리된 자료는 향후 감사 대응이나 내부 보고에도 그대로 활용할 수 있습니다.
중재 분쟁은 같은 주장만 반복한다고 해결되는 절차가 아닙니다.
대륜은 행정·조세·중재 분야의 변호사와 세무 전문가가 함께 사건을 검토하고, 협약과 법령, 객관적 증거를 연결해 중재판정부를 설득할 수 있는 대응 전략을 마련합니다.
그러니 공공의 이익을 지켜야 하는 지자체의 입장에서 도움이 필요하다면 언제든 🔗행정변호사 법률상담예약을 통해 연락주셔도 좋습니다.

본 콘텐츠는 법무법인(유한) 대륜의 실제 업무 사례를 바탕으로 일부 각색하여 작성되었으며, 저작권은 당사에 귀속됩니다.
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